在Java中，我们可以通过多种方式实现软件下载的修改，这里，我们将重点介绍如何使用Java的网络编程功能来下载和保存文件，以及如何通过Java的文件I/O操作来修改已下载的软件。

1. Java网络编程：下载文件

在Java中，我们可以使用java.net包中的类和方法来从网络上下载文件，以下是一个简单的示例，展示了如何使用URL和URLConnection类来下载文件：

import java.io.*;
import java.net.*;
public class FileDownloader {
    public static void downloadFile(String fileURL, String saveDir) throws IOException {
        URL url = new URL(fileURL);
        HttpURLConnection httpConn = (HttpURLConnection) url.openConnection();
        int responseCode = httpConn.getResponseCode();
        // always check HTTP response code first
        if (responseCode == HttpURLConnection.HTTP_OK) {
            String fileName = "";
            String disposition = httpConn.getHeaderField("ContentDisposition");
            if (disposition != null) {
                int index = disposition.indexOf("filename=");
                if (index > 0) {
                    fileName = disposition.substring(index + 10, disposition.length() 1);
                }
            } else {
                fileName = fileURL.substring(fileURL.lastIndexOf("/") + 1);
            }
            InputStream inputStream = httpConn.getInputStream();
            String saveFilePath = saveDir + File.separator + fileName;
            FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream(saveFilePath);
            int bytesRead = 1;
            byte[] buffer = new byte[4096];
            while ((bytesRead = inputStream.read(buffer)) != 1) {
                outputStream.write(buffer, 0, bytesRead);
            }
            outputStream.close();
            inputStream.close();
            System.out.println("File downloaded");
        } else {
            System.out.println("No file to download. Server replied HTTP code: " + responseCode);
        }
        httpConn.disconnect();
    }
}

2. Java文件I/O：修改文件

一旦文件被下载，我们就可以使用Java的文件I/O操作来修改它，以下是一个简单的示例，展示了如何使用FileInputStream和FileOutputStream来读取和写入文件：

import java.io.*;
public class FileModifier {
    public static void modifyFile(String filePath, String newContent) throws IOException {
        File file = new File(filePath);
        // Write the new content to the file
        FileWriter fileWriter = new FileWriter(file, false); // false means overwrite the file
        fileWriter.write(newContent);
        fileWriter.close();
        System.out.println("File modified");
    }
}

在这个例子中，我们首先创建了一个File对象，然后使用FileWriter来写入新的内容，注意，我们在创建FileWriter时设置了第二个参数为false，这意味着我们将覆盖原有的文件内容，而不是追加新的内容。

3. 结合使用：下载并修改软件

我们可以将上述两个步骤结合起来，先下载文件，然后修改它：

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        String fileURL = "http://example.com/software.exe";
        String saveDir = "/path/to/save/directory";
        String newContent = "New software content";
        try {
            // Download the file
            FileDownloader.downloadFile(fileURL, saveDir);
            // Modify the file
            String filePath = saveDir + "/software.exe";
            FileModifier.modifyFile(filePath, newContent);
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

以上就是如何使用Java来下载并修改软件的详细步骤，请注意，这只是一个基本的示例，实际的下载和修改过程可能需要处理更多的细节，例如错误处理、文件存在性检查等。